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ⓘ Category:计算生物学




                                               

Folding@home

Folding home (簡稱 FAH 或 F h )是一个研究蛋白质折叠、误折、聚合及由此引起的相关疾病的分布式计算工程。由斯坦福大学化學系的潘德实验室(Pande Lab)主持,於2000年10月1日正式啟動。Folding home現時是世界上最大的分布式計算計劃,於2007年為吉尼斯世界纪录所承認。 2004年3月8日,研究基因結構的 Genome home 計劃終止,併入Folding home。

                                               

Foldit

Foldit 是一个实验性的蛋白质折叠电子游戏,結合了眾包與分布式計算的思想。由华盛顿大学的计算机科学和工程学系和生物化学学系(同一批人中,很多人也參與创建Rosetta home)聯合共同開發。 Foldit提供一系列教程,讓用户試著操縱简单的類蛋白质構造,並定期更新以真實蛋白質結構為基礎的謎題。該程序讓用户在工具辅助解謎,就能够得出實際的蛋白质模型。每當結構被变动,一个" 分数”会根据折叠的完善程度给出。Foldit用户可以创立加入小组,分享各自的方案。也有小组高分榜。 生物製造主要蛋白質結構的方式(蛋白質生物合成)在原理上已經為人類所理解,此即蛋白質DNA測序的方法。而解明肽链是如何折叠成三维的蛋白质结构更為困難;雖然大 ...

                                               

瓦片阵列

瓦片阵列 (英語: Tiling array ,亦称为 覆瓦阵列 )是微阵列芯片中的一种子类型。类似于传统微阵列,瓦片阵列通过将标记的DNA或RNA靶分子杂交到固定在固体表面上的探针而发挥作用。 瓦片阵列与传统微阵列之间的不同之处在于探针的性质:瓦片阵列的探针并不是对散列在整个基因组中的已知或预测基因的序列进行探测,而是对连续区域内存在的已知序列进行密集地探测。这有助于表征已测序但功能却知之甚少的区域。瓦片阵列可用于:辅助转录物组作图、发现DNA/蛋白质相互作用(ChIP-chip和DamID)位点、DNA甲基化(MeDIP-chip)位点、DNA酶敏感(DNase Chip)位点及阵列比较基因组杂交。瓦片阵列除了可以检测之前未鉴定的基因及调控序列,还可能 ...

                                               

萊文斯坦距離

莱文斯坦距离 ,又称 Levenshtein 距离 ,是编辑距离的一种。指两个字串之間,由一个转成另一个所需的最少编辑操作次数。 允许的编辑操作包括: 刪除一个字符 插入一个字符 将一个字符替换成另一个字符 俄羅斯科學家 弗拉基米尔 莱文斯坦 在1965年提出這個概念。

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